1962년 이천군보건소로 처음 설립하였으며 1996년 3월 1일 이천군이 이천시로 승격됨에 따라 이천군보건소를 이천시보건소로 개칭하였다. 2000년 3월 현재의 장소에 지하 1층, 지상 2층 규모의 청사를 신축하여 이전하였다. 기구는 보건위생과와 보건사업과 2과로 구성되었다. 보건위생과는 보건행정팀, 방역관리팀, 의약보건팀, 위생팀의 4팀으로 구성되고 보건사업과는 건강증진팀, 진료민원팀, 예방보건팀, 통합지소팀의 4팀으로 구성되었다. 인원은 2009년 6월 현재 4급부터 9급까지의 일반직 60명, 6급 별정직 15명, 기능직 4명으로 총 79명이 근무하고 있다. 산하에 보건지소 7개소(부발, 신둔, 백사, 호법, 마장, 대월, 모가)와 보건진료소 15개소(장북, 장천, 상봉, 월포, 가산, 고백, 도암, 마교, 우곡, 매곡, 유산, 표고, 군량, 어농, 단월)를 통할하고 있다.